吉林大学珠海校区创建于2002年元月，占地5,000亩，现由吉林大学珠海学院、吉林大学研究生院珠海分院和吉林大学南方研究院组成。吉林大学南方研究院是吉林大学在珠三角地区建立的高层次人才培养基地和科学研究基地，自2007年开始招收硕士和博士研究生。
吉林大学珠海学院是根据教育部教发[2003]8号文件《关于规范并加强普通高校以新的机制和模式试办独立学院管理的若干意见》，由吉林大学申请，经教育部批准在吉林大学珠海校区建立的独立学院。学院学科涵盖经济学、文学、理学、工学、医学、管理学等六大学科门类，目前设立13个系31个本科专业，拥有12,000名在校本科生。
2005年1月，教育部对全国249所独立学院进行教育教学专项检查，教育部评审专家组对吉林大学珠海学院给予高度评价。
2006、2007年学院连续两年在教育部中国信息网、新华网等主流媒体主办的教育部总评榜活动中被评选为“综合实力20强独立学院”和“十佳和谐校园”，荣获“2006—2007年度大众满意中国十大名牌独立学院”称号。