20世纪90年代，海珠区的教育事业有了较大的发展。1993年，被评为“广东省扫除青壮年文盲达标区”;1994年被评为全国“普九”(普及九年义务教育)先进区和广东省、广州市特殊教育先进区;1998年，区属公办中小学全部通过广东省中小学等级评估管理办法规定的“达标学校”评估验收。
1991—2000年，被评为省一级学校(园)的有：市第五中学、同福中路第一小学、万松园小学、区实验小学、宝玉直街小学、晓港中马路幼儿园。被评为市一级学校的有：南武中学、市第九十七中学、前进路小学、昌岗中路小学。被评为区一级学校的有：鹤鸣五巷小学、土华小学、滨江中路第二小学、大江苑小学、滨江西路第一小学、后乐园街第一小学、五凤小学、江南新村第一小学、劬劳小学、江南新村第二小学、昌岗东路小学、宝贤大街小学、劬劳中学。
区内适龄儿童全部入学;初中教学质量比前有所提高，初三升高中考试平均分在全市排名中名列第五名，合格率第六名。 2000年高考544人上本科线，比上一年增长17%，是广州市目标预测值的1.71倍(1999年1.23倍)，933人上省大专线，比上一年增长 19%，是广州市目标预测值的1.87倍(1999年是1.34倍)。市第五中学、南武中学、市第九十七中学和市第四十一中学，都获得广州市高三毕业班工作一等奖。