不知从何时起，妖冶怪异的女郎，艳丽浮华的色泽，以及拙劣的拼字游戏，代替了素雅洁净的草木，占据了杂志的封面，如一个信号似的，象征了《萌芽》，这一素以“纯文学的最后堡垒”为傲的文学刊物其“纯粹文艺”理念的土崩瓦解。当“萌芽杂志社”自得其乐地捧着到手的利益狂喜时，作为读者的我们却不禁担忧：如此铺天盖地的商业造势究竟是实现了其所谓“文学与市场接轨更促其发展”，还是如一双黑手，把文学推入了万劫不复的深渊？
《萌芽》商业化发展的渊源，恐怕应追溯至1998年首届“新概念作文大赛”。不能否认，“新概念系列”(大赛，及其以后“保送、出书、成名”三步曲)的确开创了现代新式作文教育的先河，成为新生代文学力量滋长的基地，使青少年文艺界出现了“百花齐放，争奇斗妍”的景象。可以说，“新概念”对于传统应试作文的冲击，为青年写手们开创了一个新的“思想解放”的时代，这一点功绩，是任何事物所不能比拟的。然而，拨开表面浮华的迷雾，“新概念”却仅仅是赵长天实现其编辑宗旨的工具。也许在这个被推入市场洪流的主编眼里，不断攀升的发行量，远比长远地推进文学发展更有诱惑力。如果说大赛的举办是《萌芽》演奏的“商业进行曲”的序曲，那么，大赛作品的结集出版，即快速地拉开了第一乐章的序幕，而刘嘉俊，陈佳勇，韩寒，张悦然，郭敬明，李海洋等一批得益于大赛的新锐写手们，则像一个个音符，充实了整个乐曲――或者说是乐曲创造了他们。由此《萌芽》也彻底揭下了大赛的伪装，开始了露骨的“萌芽书系”这一大刀阔斧的举动，从早期的《幻城》《陶城里的武士四四》，到如今泛滥着的《我打电话的地方》《地狱的第十九层》，每一部作品都借助《萌芽》本刊上“小说家族”“才子作坊”等金牌栏目以及《萌芽》增刊的强大宣传造势，成为各大畅销书排行榜上的常客。无疑，《萌芽》单在商业这一条道路上，走的是相当成功的。
然而，与之相对的，《萌芽》刊登文章的整体质量却有了明显的滑坡趋势。无休无止的悲伤，呕心沥血的小资，琐碎冗杂的细节刻画，永远欲说还休的心事，已经让读者再也没有精力与所谓的“高超的文学修养”去感悟那些装在层层套子中央的、文章的主旨思想。的确，如今《萌芽》上的魔幻，悬疑，无厘头，曲折诡异的爱情，很是符合现代人，尤其是当代学生的口味。但究其文学价值。却可怜的几为负数。很怀念早年的《萌芽》，那里有着清丽的文笔，有着感性的意境，有着深邃的思想，而并非如今《萌芽》上一味的奢华与放荡。
郭敬明，《萌芽》在其商业化发展过程中缔造的最为成功的例子，却也成为《萌芽》商业化的牺牲品。熟悉《萌芽》的人都知道，后来成为所谓郭敬明代表作的《幻城》，最初仅仅是《萌芽》2002年10月号上“小说家族”中的一个短篇，因其独树一帜的魔幻主义色彩填补了《萌芽》多年来的一个空白，以及文中兄弟间至纯至美的感情触动了当代独生子女的软肋，在《萌芽》论坛上引起了轰动。不可否认，短篇《幻城》的确是近年来少有的精品，精致的文字，空灵的意境，曲折回环的情节，鲜明的人物个性，都满足了一个优秀小说必备的要素。《萌芽》适当地抓住时机，约郭敬明续写，扩为几十万字的长篇出版。一时间，洛阳纸贵，《萌芽》取得了巨大的经济效益。但是，仓促之间的应对，其质量远不能与灵感忽至时的精心雕琢相比，长篇《幻城》的几处硬伤轻而易举地为人揭开：1.过于繁杂的情节，过多的主线，让全书给人一种“不知所云”之感。2.华美辞藻泛滥，严重削弱了全书本身的意义。3.不再鲜明的人物个性特征，使小说真正成了为情节而作，从而摒弃了这一文体所应共有的主题。然而，催化效应下拙劣的文字却仅是挖开了冰山一角，商业化带来的恶果远不止这些。前段时间，轰动一时的“郭敬明《梦里花落知多少》剽窃案”即意味着商业化大旗下写手人格崩溃的事实。试问，一个心灵不再纯真的人又怎能写出其原本擅长的纯美的文字呢？结果注定是悲剧。
综上所述，《萌芽》选择了商业化发展，实际上是选择了一把架在自己脖子上的双刃剑，它一方面帮助《萌芽》走出了前几年的经济困境，另一方面，也使得《萌芽》逐渐背离了其创刊宗旨。《萌芽》商业化的悲哀其实也是整个文学的悲哀。选择商业化，应使其有助于文学发展，而不是将它渗入文学，甚至掩盖文学。